La version Mac App Store de Borderlands 2 fait en revanche l'objet de sérieuses limitations pour le moment. L'éditeur indique que le mode multijoueur n'est pas encore intégré. Quand il le sera, fin janvier ou en février, les utilisateurs de la version Mac App Store ne pourront jouer qu'avec les autres joueurs du Mac App Store (et donc pas avec ceux de Steam). Le Game Center et les DLC feront aussi leur apparition début 2013.

En guise de consolation, la version de la boutique d'Apple intègre quelques costumes supplémentaires pour les personnages...
Borderlands 2 fonctionne avec les cartes graphiques suivantes :
- NVIDIA GeForce 8800, GT 120, 320M, 330M, 650M
- ATI Radeon HD 3870, HD 4670, HD 4850, HD 5670, HD 5750, HD 5770, HD 5870, HD 6630, HD 6490, HD 6750, HD 6770, HD 6970
- Intel HD Graphics 3000, 4000
Il nécessite également au minimum OS X 10.7.5, Intel Core 2 Duo 2.2 GHz, 4 Go de RAM et 13 Go de stockage.