Après sa présentation lors du dernier Google I/O, le standard WebM a soulevé quelque polémique concernant sa licence. En effet, Google avait mis au point une nouvelle licence Open Source, au lieu d'utiliser l'une des nombreuses licences existantes. Selon un membre de l'Open Source Initiative, celle-ci devait encore obtenir la patente de l'OSI pour pleinement mériter le titre d'Open Source (lire : WebM, pas encore vraiment ouvert).

Originellement, la licence est basée sur celle d'Apache et GPL3, en y ajoutant toutefois une nuance de taille : la clause qui fait perdre tout droit d'utilisation de WebM en cas de poursuites judiciaires. En effet, au lieu de mettre fin à la seule licence d'exploitation des brevets afférents à cette technologie, il était question de mettre fin à tous les droits. Google a d'ailleurs toujours fait état de son désaccord avec la multiplication des licences Open Source.

La société de Moutain View a depuis corrigé le tir, en séparant la question des brevets de celle des copyrights, ce qui a permis d'utiliser les licences Open Source existantes sans créer de nouveaux droits. La formulation de la licence a également été revue pour rendre plus clair le fait que la modification et la distribution du code était libre.