Outre la prise en charge des mémos vocaux et le stockage de photos numériques, la mise à jour du logiciel interne des iPod de troisième génération a apporté quelques modifications substantielles. La première concerne la gestion de l'énergie et, plus particulièrement, l'affichage de l'état de la batterie. Désormais, le niveau de celle-ci n'est plus indiqué par une série de barres qui représentent autant de paliers, mais par une seule et unique barre ; l'information devrait donc être plus fine. Le Music Quizz est un quatrième jeu dont le principe est très simple : le baladeur joue aléatoirement un morceau extrait de la bibliothèque ; à l'utilisateur de reconnaître le morceau parmi la liste de possibilités affichées. Certains disent déjà que c'est le seul jeu qui vaille vraiment quelque chose. Quoique cela soit moins visible, on note également une amélioration du rétroéclairage.