VMware Fusion 3.1 supporte OpenGL 2.1 pour Windows Vista et Windows 7, comprend la fonctionnalité EasyConnect qui permet d'attribuer des périphériques USB à une machine virtuelle ou un Mac pour la connexion à l’ordinateur. Cette mouture offre également une meilleure prise en charge de Boot Camp, gère 10 nouveaux clients (dont les éditions 32 et 64 bits d’Ubuntu 10.04 LTS.) et est capable d'assigner 8 core (contre 4 précédemment) par machine virtuelle. Elle inclut d’autre part un outil permet de convertir des machines virtuelles au format OVF. À noter enfin qu'Autodesk recommande cette version pour utiliser AutoCAD 2011.