Cette version gère jusqu'à 96 voire192 pistes audio en simultanée selon la configuration logicielle utilisée (Pro Tools HD 9 ou Pro Tools 9 accompagné de l'option Complete Production Toolkit 2 à un peu plus de 2000€), 128 pistes d'instrument, 512 pistes MIDI, 256 bus internes et 160 pistes auxiliaires. De nouvelles fonctions sont mises en avant telles que la compensation automatique de la latence, l'outil Beat Detective multipiste ou une plus large ouverture vers d'autres applications par la prise en charge des formats d'export OMF/AAF/MXF.
Un tableau comparatif présente plus en détail les nouveautés et différences d'avec Pro Tools 8. L'application exige Mac OS X 10.6.2, la version complète sera vendue 606,95€.