On peut classer ses fichiers en dossiers et instaurer une protection par mot de passe. Trois commandes supplémentaires permettent la récupération du fichier du morceau en lecture dans iTunes, la capture d'une image avec l'iSight et un affichage du contenu des documents avec Quick Look. Un assistant aide à la configuration de son routeur. Papaya est aussi compatible avec Bonjour pour un usage en réseau local.
Cette version a vu l'interface améliorée avec l'ajout d'une fenêtre d'Inspecteur des fichiers, elle propose aussi une fonction de téléversement pour permettre à des utilisateurs de déposer des éléments sur votre disque, d'une fonction d'Étiquettes de couleurs comme dans le Finder, la fonction permettant le redimensionnement automatique des images mises à disposition a été revue et l'icône dans le Dock indique les adresses des fichiers récemment ajoutés. Enfin, une présentation des contenus en téléchargement adaptée à l'écran iPhone est de la partie.
