On peut classer les fichiers en dossiers et instaurer une protection par mot de passe. Trois commandes supplémentaires permettent la récupération du fichier du morceau en cours de lecture dans iTunes, la capture d'une image avec l'iSight ainsi qu'un affichage du contenu des documents avec Quick Look. Un assistant aide à la configuration de son routeur. Papaya est aussi compatible avec Bonjour pour une utilisation en réseau local.
Plusieurs améliorations ont été apportées dans les performances réseau, un raccourci clavier facilite le déclenchement de la fonction capture avec l'iSight et l'image peut être annotée, floutée localement, recadrée et enrichie de schémas ou d'une bulle de texte. L'icône du Dock offre davantage de commandes, le support d'AppleScript a été ajouté et l'interface de la page web, vue par les visiteurs, a été revue.