Dès la constitution de l'équipe, les choses furent compliquées. Scott Forstall lui assigna cette tâche et, comme c'est le cas chez Apple pour les projets confidentiels, les nouvelles recrues étaient laissées dans l'ignorance de leurs prochaines responsabilités
« Je ne pouvais pas leur dire sur quoi ils allaient travailler jusqu'à ce qu'ils acceptent le poste. Nous n'étions pas enfermés comme c'était le cas à l'époque pour l'équipe de Jonathan Ive, ou plus tard pour l'équipe iPhone. Mais à moins de savoir qui chercher, vous ne nous auriez jamais trouvés sur le campus. Et si vous y étiez arrivé, il y a peu de chance que vous ayez pu savoir sur quoi on travaillait, sauf à nous surprendre en train d'utiliser Safari - chose que nous faisions en général derrière une porte fermée ». L'interface dans les premiers temps était d'ailleurs assez semblable à celle des autres logiciels, en tout cas dépourvue de l'habillage façon métal qui accompagnera le logiciel à ses débuts.
Les risques de fuites depuis l'intérieur de l'équipe ou de la poignée de bêta-testeurs chez Apple étaient relativement inexistants. En revanche, le navigateur pouvait se révéler par le simple fait qu'il présente sa carte d'identité (l'information de "user-agent") auprès de chaque serveur de site qu'il visite. Il aurait suffi que l'administrateur de l'un d'entre eux relève, par hasard, la présence d'un navigateur inconnu au bataillon pour gâcher la future surprise du 7 janvier 2003.
Le problème était qu'au début des années 90, Apple avait acheté une plage entière d'adresses IP fixes, 16 777 216 adresses pour être précis, commençant en 17.x.x.x. Il suffisait de relier le nouveau user-agent repéré dans les enregistrements de visites avec sa provenance (les adresses IP d'Apple) pour comprendre qu'il se tramait quelque chose de nouveau. Les chances que cela se produise étaient probablement minces, mais le risque bien réel. Apple est constamment scrutée et l'on sait son goût pour le secret. D’autant plus que son arrivée en tant que concurrente de Microsoft et d’un Internet Explorer alors tout puissant allait faire l’effet d’une bombe.
Il fut alors décidé que le navigateur ne s'afficherait avec sa véritable identité que lorsque ses testeurs étaient chez eux ou du moins en dehors du campus d'Apple. Cette exception dans la confidentialité était nécessaire pour vérifier le bon fonctionnement du logiciel avec les sites.
Pendant l'essentiel du développement de Safari, l'application se présentait avec les références d'Internet Explorer pour Mac (alors livré en standard sur les machines d'Apple en vertu de l'accord avec Microsoft) et six mois avant sa sortie il utilisa l'identité de Mozilla, futur Firefox. Ses développeurs installèrent ensuite un mécanisme pour qu'au jour J, Safari change automatiquement de user agent et que son nom y apparaisse enfin librement et en toutes circonstances. Aujourd'hui Apple ne s'embarrasse plus de telles précautions pour Safari, notamment sur iOS, le navigateur ayant perdu de sa nouveauté.
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