Mavericks pourra être installé sur tous les Mac compatibles avec Mountain Lion, mais la transition ne sera pas forcément aisée. Les principales nouveautés d'OS X 10.9 portent en effet sur les bases du système, ce qui entraîne nombre d'incompatibilités et de bogues avec les apps tierces.

Une de ces nouveautés est App Nap, qui permet à OS X de « ralentir » les apps inactives à l'arrière-plan pour économiser jusqu'à 23 % d'activité processeur (lire : OS X Mavericks, un système plus performant, mais moins gourmand). Certaines apps tierces supportent assez mal d'être contrôlées par le système, ce qui se traduit au mieux par un plantage de l'app en question, au pire par de gros ralentissements généraux.

Apple a néanmoins prévu qu'un utilisateur puisse désactiver App Nap pour telle ou telle app. Une option « Empêcher App Nap » est en effet présente dans le panneau d'informations (⌘I) de toutes les apps tierces. iTunes et les apps des suites iLife et iWork sont aussi concernées, mais pas les autres apps d'Apple (iBooks, Plans, Safari, apps système…).